和萝卜一起画图(1):kegg clades 图

r语言 kegg go

对于学习生物信息的同学,在一开始都会遇到画图的问题。而R语言无疑是受大家青睐的画图语言之一,今天给大家展示如何使用R语言的barplot函数画出常用的GO kegg注释的分类图,先上图:

kegg barplot

​输入文件格式见链接中的input.txt文件:

​​http://note.youdao.com/noteshare?id=b09e44a32959d2170d2a7099d9bd2ed5

该文件第一行是标题,包含每个样品的编号

从第二行开始,第一列是kegg分类,第二列至最后一列是​​每个样品注释到该kegg分类的基因数(每一列以tab键分割)

​输入格式文件如下图:

输入文件格式

以下是画图代码:

#红色字体部分,需要输入改为你的输入文件路径​

data0<-read.table(file="

data<-t(data0[,-1])

colnames(data)<-data0[,1]

opar<-par(no.readonly = TRUE)

par(mar=c(5,16,4,2),cex=0.7)# kegg名字太长了,为了kegg名字不跑出边界以外,需要加上该命令,设置图的边界大小

par(las=2)#将kegg分类名水平方向显示

data<-as.matrix(data)

mp<-barplot(data, horiz = TRUE, beside = TRUE,col=c("#A9A9A9","#A52A2A","#8A2BE2"),cex.names=0.8,main="Clades of KEGG",legend=rownames(data))

#如果需要在每个bar上加上基因数,执行以下命令​

text(data+5,mp, format(data), xpd = TRUE,col="black",cex=0.7)


大家赶紧复制试试吧。​


相关推荐

  • 快乐瘦身 茗后萝卜瘦官方POWER团队招商 快乐瘦身茗后萝卜瘦官方POWER团队招商请添加茗后萝卜瘦官方微信:giao1212团队的支持是你可靠的后盾!2015年中国肥胖人群以超2亿,瘦身并不只是为了美丽,我们更要站在顾客的健康角度来考虑。肥胖可以引发多种疾病,像癌症。高血压,冠心病
  • 飞鱼科技强化IP布局 保卫萝卜系列图书正式首发 风靡国内外的休闲塔防游戏《保卫萝卜》自面市以来,以其超萌可爱的场景和滑稽搞笑的音效引爆了无数玩家的热情,“萌系”风格深入人心。日前,游戏版权方飞鱼科技联合中国少年儿童出版社推出“保卫萝卜”游戏同名系列图书,已于2015年1月9日举办的北京图
  • 今日推荐:《 kanahei 的大萝卜》 萌得你停不下来的“魔性”游戏 名称:GiantTurnipGame《kanahei的大萝卜》画面:★★★★有趣度:★★★★推荐理由:拔不完的萝卜,看不完的萌萌插图,爱不够的小
  • Pull Carrots拔萝卜GWK2578怎么样,女童裤裙好不好啊,女童打底裤评价如何 PullCarrots拔萝卜宝宝打底裙裤怎么样,女童裤裙好不好啊,女童打底裤评价如何以下为大家分享买过PullCarrots拔萝卜宝宝打底裙裤女童裤裙的真实用户评价最近市场上发现有假货现象!为了购买到正品,请亲们一定要到下面的PullCar
  • Pull Carrots拔萝卜GWK1460质量怎么样,童装女童冬装2015好不好啊,女童打底裤加绒冬口碑如何 PullCarrots拔萝卜女童棉裤质量怎么样,童装女童冬装2015好不好啊,女童打底裤加绒冬口碑如何以下为大家分享买过PullCarrots拔萝卜女童棉裤童装女童冬装2015的真实用户评价最近市场上发现有假货现象!为了购买到正品,请亲们一
  •  保卫萝卜2游戏简介及攻略   [1]《保卫萝圣元我的天使卜2:极地冒险》是一圣元我的天使款超萌的休闲塔防56圣元我的天使64小游戏,在保卫各圣元我的天使包括雪地、天际、冰河圣元我的天使括雪地、天际、冰河在内的6个主题场景,101个全新的关卡以及包括冒险闯关、BOSS限
  • 阳台菜园早春季  樱桃萝卜一生推 温暖的春天大家都感受到了吧!俗话说得好:“九九加一九,耕牛遍地走”——呃,没有耕牛,也可以在阳台上种菜嘛。有志于在家种出三餐蔬菜的同学们,可以行动起来了。不过,鉴于早春时节,早晚天气仍然算是寒凉,而且还有倒春寒的可能,所以,先不要一气铺开来
  • #晚餐#甜椒鸡丁 辣煮萝卜 鸡胸肉切成1cm见方的丁,用水焯过备用甜椒也切成1cm左右的片。油锅烧6成热,下鸡丁炒出焦香味。加入甜椒丁,翻炒。加入一勺料酒,两勺生抽,半勺糖。继续翻炒至调味料均匀。加入半碗非常稀的淀粉水,煮至甜椒软下来前面焯鸡肉的水加入1/5包麻辣火锅
  • 4招推迟耳背 吃胡萝卜少挖耳朵 族有关,有人统计,虾夷族占100%,白人和高加索人占90%。蒙古人为20%,日本人在20%以下,而我国汉族的发生率最低,在5~7%。在人们老观念里,老眼昏花、人老耳背,这些因衰老带来的症状是正常的,因此子女们并不重视,老人自己也默默承受。一
  • 四种萝卜各有强项 红白混吃是禁忌 四种萝卜各有强项红白混吃是禁忌中国是萝卜的故乡,栽培使用历史悠久,早在《诗经》中就有关于萝卜的记载。人们常说“冬吃萝卜夏吃姜,一年四季保健康”,萝卜的品种也有很多,我们常见的主要有红萝卜、青萝卜、白萝卜和水萝卜。可是消费者却犯迷糊了,既然都
  • 萝卜莲藕全都是宝 冬季排毒必吃12种食物 萝卜莲藕全都是宝冬季排毒必吃12种食物.白萝卜萝卜有很好的利尿效果,所含的纤维素也可促进排便,利于减肥。如果想利用萝卜来排毒,则适合生食。萝卜是一年四季的药膳,尤其是生食的作用比烹煮后好得多。白萝卜可帮助消化,刺激肠胃蠕动,并促进新陈代谢和
  • 圣诞节系列活动——“群英荟萃萝卜节” “群英荟萃萝卜节”在圣诞前夕开展啦!萝卜节上,小朋友们认识、品尝了各种各样的萝卜:水萝卜、红心萝卜、青萝卜、胡萝卜、白萝卜。小朋友们拿着自己带来的大萝卜,脸上乐开了花。萝卜的用处有很多、可以做出各种各样的美食、可以做成有趣的萝卜灯还可以变成

你的评论

就没有什么想说的吗?

最新博客

关于我们 加入传客 媒体报道 帮助中心 传客活动 免责声明 联系我们 移动版 移动应用

©2017传客网    琼ICP备15003173号-2    

本站部分文章来源于互联网,版权归属于原作者。
本站所有转载文章言论不代表本站观点,如是侵犯了原作者的权利请发邮件联系站长(weishubao@126.com),我们收到后立即删除。
站内所有资源仅供学习与参考,请勿用于商业用途,否则产生的一切后果将由您自己承担!

X