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和萝卜一起画图(1):kegg clades 图

2016-10-15 作者:萝卜

对于学习生物信息的同学,在一开始都会遇到画图的问题。而R语言无疑是受大家青睐的画图语言之一,今天给大家展示如何使用R语言的barplot函数画出常用的GO kegg注释的分类图,先上图:

kegg barplot

​输入文件格式见链接中的input.txt文件:

​​http://note.youdao.com/noteshare?id=b09e44a32959d2170d2a7099d9bd2ed5

该文件第一行是标题,包含每个样品的编号

从第二行开始,第一列是kegg分类,第二列至最后一列是​​每个样品注释到该kegg分类的基因数(每一列以tab键分割)

​输入格式文件如下图:

输入文件格式

以下是画图代码:

#红色字体部分,需要输入改为你的输入文件路径​

data0<-read.table(file="

data<-t(data0[,-1])

colnames(data)<-data0[,1]

opar<-par(no.readonly = TRUE)

par(mar=c(5,16,4,2),cex=0.7)# kegg名字太长了,为了kegg名字不跑出边界以外,需要加上该命令,设置图的边界大小

par(las=2)#将kegg分类名水平方向显示

data<-as.matrix(data)

mp<-barplot(data, horiz = TRUE, beside = TRUE,col=c("#A9A9A9","#A52A2A","#8A2BE2"),cex.names=0.8,main="Clades of KEGG",legend=rownames(data))

#如果需要在每个bar上加上基因数,执行以下命令​

text(data+5,mp, format(data), xpd = TRUE,col="black",cex=0.7)


大家赶紧复制试试吧。​



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